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法轮功学员并没有被吓倒，他们从修炼的亲身体验知道这些抹黑的指控纯属子虚乌有，他们都是在做好人，没有任何可被指责、污蔑之处。同时，面对这些无端的打压，他们一次次以大善大忍的胸怀默默忍受，给那些打压者机会了解什么是修炼，修炼者是怎样的人。很多学员冒着失去工作甚至坐牢的危险给中央领导写信，用亲身经历证实法轮功对社会是有益的，对当政者没有任何威胁。
鉴于中共公安与宣传部门对法轮功打压造成社会的波动，国家体育总局曾于1998年派出调研组到长春和哈尔滨对法轮功进行调研，结论是“我们认为法轮功的功法功效都不错，对于社会的稳定，对于精神文明建设，效果是很显著的，这个要充分肯定的。”。【2】1998年下半年，以乔石为首的部份全国人大离退休老干部，对法轮功进行了一段时间的详细调查、研究，得出“法轮功于国于民有百利而无一害”的结论，并于年底向江泽民为首的政治局提交了调查报告。出于对乔石的嫉恨，江泽民对该报告大为不悦，批示：“写得玄玄乎乎，我看不懂。”并将报告交给一直对法轮功持打压态度的罗干去处理。罗干心领神会，加大打压法轮功的动作。掌握公安系统的罗干利用对法轮功怀有敌意的某些科痞开始策划更大的阴谋。
科痞
中科院院士何祚庥就是这样的一个马前卒。1951年从清华大学物理系毕业时，因为发表了“自然科学是有阶级性的”论点，何被中共中央宣传部看中，分配到了中宣部。何是后来才又搞起理论物理，但重点仍是用马克思主义哲学去研究物理。何祚庥学术上最大的研究成果就是提出了基本粒子的所谓“层子模型”，并发了论文，题为《用毛泽东思想指导基本粒子研究》，认为“层子”也是可分的，可分为“无子”、“毛子”等等更小的粒子。取名“无子”、“毛子”是暗指“无产阶级之子”、“毛主席之子”。何祚庥在中科院是一个很有争议的人物，顶着科学家的帽子，其实是个紧跟中共形势的政治人物，有“科痞”之称。
例如，上个世纪初凯库勒发现苯的环形结构，之后数十年化学家对此结构一直知其然不知其所以然，后来诺贝尔化学奖得主泡林提出“共振论”概念，合理地解释了凯库勒模型，此为量子力学在化学结构学的开始。但是何祚庥等指责已经被证明的凯库勒模型是“阶级调和论在科学界的反映”，中国大批的结构化学专家因此受株连而被检查“资产阶级立场”，导致中国量子力学研究受到严重冲击而长时间中断。
抱着马克思主义的无神论不放的何祚庥，对于带有中国修炼传统的气功怀有先天的敌意。何在接受中央电视台采访时，曾不经意间流露出一句真心话，说他攻击法轮功的勇气原来还出于“我的背后有共产党”。
1998年5月中旬，何祚庥在北京电视台“科技之光”节目中诽谤法轮功。法轮功学员去电视台澄清真相。北京电视台了解了情况后，做出了更正。何祚庥在北京没有了市场之后，就跑到天津。1999年4月11日，他在天津教育学院《青少年科技博览》杂志发表文章，继续用那些谎言来诬陷法轮功。文中，他污蔑法轮功致人得精神病，并暗喻法轮功会像义和团一样亡国。天津的一些法轮功学员认为有必要向天津有关方面澄清事实真相，并期望通过与杂志编辑部的交涉来消除该文章的错误影响。因此，4月18日至24日，一些学员前往天津教育学院及其它相关机构反映实情。开始的时候，编辑部的领导出面接见了法轮功学员，表示愿意更正这一不实的文章，但第二天却突然改口，拒绝更正。后来的事态发展表明，何祚庥这一次并不是单独行事，而是与升任的中共中央政法委书记罗干联手。4月23、24两日，天津市公安局动用300多名防暴警察殴打反映情况的法轮功学员，导致学员流血受伤，并抓捕45人。天津市政府的官员还告诉上访学员，这件事天津管不了，要说明情况就要找上级－－北京的中央政府。当法轮功学员请求放人时，被告知公安部介入了这个事件，如果没有北京的授权，被逮捕的法轮功群众不会得到释放。天津的公安亦向法轮功学员建议：“你们去北京吧，去北京才能解决问题。”
“四二五”万人上访
1999年4月25日，一万多名法轮功学员到北京位于中南海附近的国家信访办集体上访。当时的总理朱镕基出面接待了法轮功学员，责成信访局负责人与学员代表座谈。在对话中，法轮功学员提出了三点要求：1）释放两天前在天津被抓的法轮功学员；2）给法轮功一个公正合法的修炼环境；3）允许法轮功的书籍通过正常渠道公开出版。
整个过程中共的公安部门完全是知情的，而且准备扩大事件制造镇压藉口。在４月24日晚，就已经有许多外地法轮功学员乘大客车进京上访。同时，中共内部知情者已经通知劝说他们修炼法轮功的家人第二天不要去信访局，因为警察已经布置好了要抓人。
4月25日清晨，当大批法轮功学员们来的国务院信访办公室时，却有警察出面将法轮功学员领向中共中央领导人的办公地点中南海。法轮功没有组织，也没有人指挥，学员都很善良，听从警察的安排，让往哪儿走就往哪儿走，让站在哪儿就站在哪儿。结果被分成两路，一路从南向北走，一路从北向南走，由警察指挥、安排成了对中南海包围之势，陷入了中共的圈套。后来中共镇压法轮功时，就将此诬陷为法轮功“围攻中央政府”。
设下圈套后，警察在早晨８点多钟开始戒严，来了许多警车，密集的一排武警与法轮功学员面对面地对峙站着，扛着摄像机的人在车里来回摄像，为秋后算帐作准备。路上除了警车就是警察，还有便衣。中南海围墙内出现了头戴钢盔、荷枪实弹的军队，气氛恐怖。
法轮功学员通过修炼而达到的高尚境界在这一天的上访中得到了充分的展现。当天，屡屡在媒体上污蔑法轮功的何祚庥在便衣的保护下也一直在上访现场，法轮功学员没有一个人与之发生冲突。有些假扮法轮功学员的便衣煽动大家喊口号，法轮功学员也没有理会他们。上万法轮功学员整体平和而有序，在马路与人行道之间站成三人厚的一排以避免阻碍交通。他们劝好奇的行人不要围观，以免造成堵塞交通。他们捡起汽车和行人丢下的垃圾，捡起警察丢下的烟头，还把警察吐的痰都擦干净了。法轮功学员的祥和很快地消融了武警们紧张的对峙情绪，也于无形中消除了戒严。一位女警察感动的说：“看看，什么是德？这就是德！”
当天早上，当国务院总理朱镕基看到庞大的上访人群时，他走出中南海，直接来到法轮功学员中。朱镕基开场就说：“你们有宗教信仰自由嘛！你们有什么问题，你们派代表来，我带你们进去谈”，并随机点了三位法轮功学员进入中南海与信访局长会谈。在谈话中，法轮功学员才知道朱镕基曾就法轮功修炼的问题有过批示，却不知被何人扣压没有传达。【3】
在国务院工作人员和法轮功代表会谈了一整天，其间，学员们一直在外静静等候。到了晚上9点多钟事情有了初步的结果，天津被捕学员得到释放，法轮功群众随后静静的散去，地上连一片碎纸都没有留下。事件和平落幕，这就是后来所说的“四二五万人大上访”。
作为“六四”之后中国最大的一次群众聚集事件，西方媒体也广为关注。对于“四二五”上访的和平解决，国际观察人士和媒体给予法轮功和朱镕基以很高评价，将其视为中国政府与民间协商解决社会问题的先例与向文明社会迈进的里程碑。
